Homološki modeli također se mogu koristiti za identificiranje suptilnih razlika između srodnih proteina koji nisu svi strukturno riješeni . Na primjer, metoda je korištena za identifikaciju mjesta vezanja kationa na Na+/K+ ATPaze i za predlaganje hipoteza o afinitetu vezanja različitih ATPaza.
Za što se koriste homološki modeli?
Homološko modeliranje je jedna od računalnih metoda predviđanja strukture koje se koriste za određivanje 3D strukture proteina iz njegove aminokiselinske sekvence. Smatra se najtočnijom od metoda predviđanja računske strukture. Sastoji se od više koraka koji su jednostavni i laki za primjenu.
Što je homološko modeliranje i zašto je potrebno?
Homološki model dobiva trodimenzionalnu strukturu ciljnog proteina na temelju sličnosti između predloška i ciljnih sekvenci i ova tehnika se pokazala učinkovitom kada je u pitanju proučavanje membranskih proteina koji teško ih je kristalizirati poput GPCR-a jer pruža viši stupanj razumijevanja …
Kako se radi homološki model?
u modeliranju homologije uključeno je nekoliko koraka
- odabir predloška pomoću ciljanog niza. U tu svrhu možete izvršiti BLASTp pretraživanje prema svim dostupnim proteinskim strukturama (PDB). …
- Poravnavanje predloška i ciljne sekvence. …
- Kvaliteta vašeg modela. …
- Profinjenostvašeg modela u skladu s tim.
Što čini dobro modeliranje homologije?
Ako definiramo "veoma uspješan homološki model" kao onaj koji ima <=2 Å rmsd iz empirijske strukture, tada predložak mora imati >=60% identitet sekvence s ciljem za uspjeh stopa >70%. Čak i pri visokim identitetima sekvenci (60%-95%), čak jedan od deset homoloških modela ima rmsd >5 Å u odnosu na
