Artefakti početnog dimera obično se javljaju na velikom broju ciklusa praga (obično > 35 ciklusa), koji je veći od broja ciklusa praga za željeni amplikon. Dimeri prajmera se značajno povećavaju kada se doda heterologna genomska DNK.
Gdje biste vidjeli dimere primera na DNK gelu?
U ne-kvantitativnom PCR-u krajnje točke, dimer prajmera pojavit će se kao manje-više blijeda mrlja na agaroznom gelu, ispod raspona proizvoda od interesa.
Kako nastaju dimeri prajmera?
Primer dimeri formiraju se kada se dva prajmera vežu jedan na drugi, umjesto na DNK predloška, zbog područja komplementarnosti prajmera.
Kako detektirati dimere početnika?
Najlakši način da provjerite ima li početnih dimera je usporedite svoje reakcije na negativnu kontrolu (voda umjesto DNK ili RNA). Dimeri temeljnog premaza i dalje će se stvarati u negativnoj kontroli. Neki setovi temeljnih premaza vjerojatnije će formirati dimere od drugih.
Zašto se pojavljuju dimeri prajmera?
Uglavnom se vide dimeri primera zbog visoke koncentracije primera u PCR reakcijskoj smjesi. Ili ako nema PCR amplifikacije i možete vidjeti na dimeru primera u agaroznom gelu. Ako ste u mogućnosti vidjeti PCR proizvod, možete smanjiti koncentraciju praška i zadržati ostale uvjete istim.
