Metode temeljene na hvatanju konformacije kromosoma (3C) otkrivaju organizaciju kromosoma unutar jezgre određivanjem fizičke blizine parova točaka duž kromatina. Oni čuvaju interakcije kromatina umrežavanjem nakon čega slijedi fragmentacija, ligacija i sekvenciranje međudjelujućih regija.
Kako funkcionira hvatanje konformacije kromosoma?
Chromosome conformation capture-on-chip (4C) hvata interakcije između jednog lokusa i svih ostalih genomskih lokusa. Uključuje drugi korak ligacije, kako bi se stvorili samo-cirkularizirani fragmenti DNA, koji se koriste za izvođenje inverznog PCR-a. … Na jednoj mikročipi može se analizirati otprilike milijun interakcija.
Što je hvatanje konformacije kromatina?
Chromatin Conformation Capture (3C) je važna tehnika koja se koristi za proučavanje strukture kromatina, kao i osnova za nekoliko drugih izvedenih tehnika. … Protokol uključuje formaldehidno umrežavanje stanica nakon čega slijedi izolacija kromatina i probava s restrikcijskim enzimom.
Kako Hi-C sekvenciranje funkcionira?
Hi-C pristup proširuje 3C-Seq na mapiranje kromatinskih kontakata u cijelom genomu, a također je primijenjen na proučavanje interakcija kromatina in situ. U ovoj metodi, kompleksi DNA-protein su umreženi formaldehidom. Uzorak je fragmentiran, a DNA je ekstrahirana, vezana i digestirana restrikcijskim enzimima.
Što je Hi-C tehnika?
Klasična Hi-C tehnika uključuje restrikcionu probavu formaldehidnog umreženog genoma s restrikcijskim enzimima specifičnim za sekvencu, nakon čega slijedi popunjavanje i popravak probavljenih krajeva uz ugradnju nukleotidi vezani za biotin. Popravljeni krajevi se zatim ponovno povezuju.